SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳是蛋白质分析技术中最常用的一种，主要用于分析蛋白质的分子量；它通过电泳原理将带有蛋白质的样本分子以不同的速度送向凝胶，分子量大的以更慢的速度通过凝胶，分子量小的以更快的速度通过凝胶。通过分析在凝胶上的电泳带，可以得到蛋白质的分子量信息。它的原理可以简单概括为：SDS（十二烷基硫酸钠）在电场下的作用使所有蛋白质带同样程度的负电荷；凝胶上的孔隙可以使带负电的蛋白质分子按几何平均分子量大小分别进行“筛分”，最后形成各自独立的“电泳带”。
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳中的SDS在配制过程中会把蛋白质中原有的二级、三级结构打开并全面展开成为线性的排列状态，这样所有蛋白质分子就完全展开成了一维形态，从而方便比较它们分子量的大小。
同时，SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳也适用于定性分析与半定量分析：电泳结果中峰的大小（即电泳强度）可反应出蛋白质在加载量一定的条件下与其它蛋白质结合的程度。
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳是蛋白质学中最基础的技术之一，已被广泛应用于蛋白质分析、免疫学、生物化学等领域。